Hàng không mẫu hạm Ticonderoga sau khi bị 1 máy bay cảm tử Thần Phong đâm vào, ngày 21 tháng 1 năm 1945.Hàng không mẫu hạm Hancock đang bốc cháy sau khi quả bom lắp trên 1 chiếc Avenger bung ra và phát nổ, khiến 62 thủy thủ thiệt mạng, ngày 21 tháng 1 năm 1945.

Sau khi triệt thoái khỏi Biển Đông, Đệ Tam Hạm đội tiếp tục thực hiện những nhiệm vụ tiếp theo. Họ không kích các sân bay và cảng biển ở Formosa một lần nữa vào ngày 21 tháng 1, khiến 10 tàu vận tải bị đánh chìm ở Cao Hùng.[82] Nhưng các cuộc phản công của Nhật Bản đã gây ra nhiều thiệt hại cho người Mỹ. Hàng không mẫu hạm hạng nhẹ Langley bị 1 chiếc máy bay đem theo 2 quả bom đâm trúng và hàng không mẫu hạm Ticonderoga bị trúng 2 máy bay cảm tử Thần Phong. Khu trục hạm Maddox cũng bị trúng 1 máy bay Thần Phong nhưng chỉ gặp thiệt hại nhẹ.[83] Kì hạm của McCain, chiếc Hancock, gặp thiệt hại nghiêm trọng sau khi 1 quả bom bị bung ra khỏi chiếc TBF Avenger đang hạ cánh và phát nổ trên đường băng. Hancock và Ticonderoga sau đó được tách khỏi hạm đội và trở về Ulithi để sửa chữa.[84] Vào ngày 22 tháng 1, những con tàu còn lại tiếp cận và tấn công quần đào Ryukyu. Nhiệm vụ chính của chiến dịch này chủ yếu thu thập những bức ảnh chụp đảo Okinawa để giúp lên kế hoạch đổ bộ xâm chiếm đảo, đồng thời tấn công các sân bay và tàu hàng. Sau khi hoàn thành nhiệm vụ, hạm đội chuyển hướng về phía Nam và quay về Ulithi vào tối 22 tháng 1 và đến nơi vào ngày 25 tháng 1. Ngày 26 tháng 1, Halsey bàn giao TF 38 cho Đô đốc Spruance, và trở thành một phần của Đệ Ngũ Hạm đội.[85]

Cuộc tập kích đã góp phần khiến quân đội Nhật phải chiếm Đông Dương khỏi tay người Pháp. Tổng chỉ huy lực lượng Nhật Bản ở Đông Dương, Trung tướng Yuisu Tsuchihashi, tin rằng cuộc không kích này là sự chuẩn bị cho một cuộc xâm lược sắp tới của Đồng Minh vào Đông Dương. Thực tế, Tổng Thống Franklin D. Roosevelt đã quyết định rằng Hoa Kỳ sẽ không đổ bộ vào khu vực Đông Duơng và không hề có kế hoạch cho việc đó.[86] Để chuẩn bị cho cuộc xâm lược của quân Đồng Minh và dập tắt ý định nổi dậy của người Pháp, ngày 26 tháng 2, chính phủ Nhật Bản đã cho phép bộ chỉ huy quân sự ở Đông Duơng tiến hành kế hoạch tiếp quản sau khi đã hoàn tất mọi sự chuẩn bị.[87] Cuộc đảo chính diễn ra vào ngày 9 tháng 3, các lực lượng Nhật Bản nhanh chóng đánh bại các đơn vị đồn trú của Pháp và chiếm toàn bộ trụ sở các cơ quan chủ chốt ở Đông Dương.[88] Sau khi đảo chính Pháp và bộ máy hành chính của Pháp tại Đông Duơng tan rã, người Nhật thành lập Đế quốc Đại Nam bù nhìn và đưa Hoàng đế Bảo Đại lên nắm quyền.

Chính phủ Bồ Đào Nha sau đó đã đệ đơn phản đối về việc máy bay của Hải quân Hoa Kỳ đã tấn công và vi phạm quyền trung lập của Ma Cao trong cuộc đột kích ngày 16 tháng 1. Chính phủ Hoa Kỳ lên tiếng xin lỗi về sự cố trên vào ngày 20 tháng 1.[73] Một toàn án điều tra chính thức được tiến hành, và vào năm 1950, Hoa Kỳ đã bồi thường chính phủ Bồ Đào Nha 20,3 triệu USD cho những thiệt hại họ gây ra cho bến cảng Ma Cao ngày 16 tháng 1 năm 1945 và các sự cố khác gây ra trong cuộc không kích từ ngày 11 tới ngày 25 tháng 1 năm 1945. [43][89][90]

Các cuộc tấn công bằng Không quân và Hải quân Đồng Minh nhằm vào các tuyến vận tải của Nhật Bản trên Biển Đông tiếp tục được mở rộng trong những tháng đầu của năm 1945 sau khi nhiều đơn vị ném bom của Mỹ được chuyển đến các căn cứ ở Philippines.[91] Các máy bay tuần tra và ném bom hạng trung đã hoạt động liên tục từ khu vực Philippines tới Đông Ấn Hà Lan từ tháng 2. Dù các tàu ngầm của Đồng minh và các máy bay này không ngăn cản được cuộc chạy trốn của các thiết giáp hạm lớp Ise khi chúng đi từ Singapore đến Nhật Bản trong Chiến dịch Kita vào giữa tháng 2, nhưng các máy bay ném bom hạng trung đã đánh chìm một số lượng lớn các tàu buôn Nhật Bản vào cuối tháng đó.[92] Các đội bay ném bom hạng trung và hạng nặng đã liên tiếp tổ chức các đợt ném bom vào các cảng ở khu vực Nhật Bản kiểm soát khắp khu vực quanh Biển Đông những tháng sau đó.[93] Do ảnh hưởng của những đợt tấn công trên, Nhật Bản đã ngừng mọi tuyến vận tải hàng hóa qua Biển Đông từ tháng 4 năm 1945.[94]